Uskup Agung Kupang Mgr. Petrus Turang kemudian memilih dan menunjuk Romo Stefanus Mau, Pr, seorang imam dari Keuskupan Agung Kupang sebagai Kepala SMA Katolik Giovanni Kupang sejak Februari 2001 sampai sekarang.
Atas jasa dan pengabdiannya seorang pemimpin sejati dan berhati mulia, seorang alumnus kemudian menghadiakan cincin emas kepada Marcelinus Celly dan Frater Sarto BHK.
Awal mulanya, penyelenggara sekolah tersebut adalah Yayasan Persekolahan Keuskupan Atambua dengan Kepala Sekolahnya Pater Adrianus Conterius, SVD dari 1962-1967.
Pater Adrianus Conterius adalah Kepala Sekolah yang pertama. Tahun 1967, Pater Adrianus Conterius, SVD dialihtugaskan ke Atambua bertepatan dengan terbentuknya Dioses Kupang.
Dengan dialihtugaskannya Pater Adrianus Conterius, SVD maka jabatan Kepala SMA Katolik Giovanni dijabat oleh Pater Blasius Fernandez, SVD, dari 1962-1972. Dan sejak saat itu Yayasan Penyelenggara SMA Katolik Giovanni diserahkan ke Yayasan Swastisari cabang Kupang pimpinan Suster Antari Marsuwi, CB MSc.
Ketika Pater Blasius Fernandez, SVD bertugas ke Eropa, Kepala Sekolah SMA Katolik Giovanni dijabat oleh Pater Andreas Matutina, SVD dalam kurun waktu 1972-1973 . Jabatan Kepala sekolah selanjutnya dipercayakan yayasan penyelenggara kepada Marcelinus Celly sampai memasuki masa pensiunnya pada 1986.
Tumpeng ulang tahun emas dipersembahkan kepada Marcelinus Celly untuk memotongnya. Semua alumni seakan histeris menyaksikan peristiwa itu.
Sudah 50 tahun perjalanan lembaga pendidikan tersebut yang membawa banyak kenangan manis dan pahit bagi para alumninya. selesai
