ADA dua bandara di Yogyakarta sekarang ini. Yakni, Bandara Udara Internasional Adisucipto di perbatasan Kalasan-Yogyakarta dan yang terbaru adalah Yogyakarta International Airport (YIA) di kawasan Wates, Kulon Progo, DIY.
YIA berjarak kurang lebih 57 km dari Kota Yogyakarta dan butuh waktu sedikitnya 1,5 jam mencapai lokasi YIA dari pusat kota.
Kini sudah tersedia layanan shuttle bus dengan rute kota Yogyakarta menuju YIA.