USAI pensiun sejak tahun 2012 silam sebagai Uskup Keuskupan Ketapang dan digantikan oleh Mgr. Pius Riana Prapdi, Uskup Emeritus Mgr. Blasius Pujaraharja kemudian tinggal di Gamping, DIY, dekat dengan rumah kakak dan keluarganya.
Cucu dan keponakan Mgr. Blasius banyak memelihara dan mengkoleksi burung hias dan Mgr. Blasius sangat senang dan terhibur, tepat di depan meja kerjanya juga terdapat sepasang burung parkit Australia.
Kegiatan Mgr. Blasius sehari-hari berdoa, membaca bacaan rohani, renungan, dan misa harian bersama keluarga tercinta.
Mgr. Blasius di usianya yang sudah sepuh tetapi masih punya semangat yang sangat tinggi untuk melayani Tuhan dan juga sesama. Mgr. Blasius sering diminta umat untuk mempersembahkan misa, memberikan retret dan juga rekoleksi untuk biarawan dan biarawati, bahkan Mgr. Blasius juga pernah memimpin Misa Krisma (Pemberkatan Minyak Suci dan Pembaruan Janji Imamat) di Gereja Katedral Santa Perawan Maria Ratu Rosario Suci Semarang dan Gereja Katedral Kristus Raja Purwokerto, saat kedua Keuskupan tersebut masih sede vacante (tahkta lowong).
Setelah kurang lebih lima tahun ltinggal bersama keluarga, pada hari Rabu, tanggal 25 Juli 2018, Mgr. Blasius yang diantar oleh cucu dari keponakannya Mbak Fitri Sulekstya pindah dari tempat tinggalnya di Gamping Ke Seminari Tinggi Santo Paulus Kentungan, Yogyakarta.
Kedatangannnya disambut oleh para staf Seminari Tinggi Santo Paulus Kentungan, Yogyakarta.
